C’est en 1996 que la CNCE a édité pour la première fois le "Guide du commissaire enquêteur, ou du bon usage de l’enquête publique". Devenu un ouvrage de référence, il a connu un succès constant, tant auprès des membres de la Compagnie nationale que des organismes extérieurs. Il a été régulièrement réédité et actualisé, pour devenir en 2018 le "Guide de l'enquête publique".
Par ailleurs en 2017, la CNCE a lancé une nouvelle collection thématique, sous forme de "hors séries".
Tous les ouvrages sont disponibles en versions "papier" et "numérique" (consultable en ligne).