C’est en 1996 que la CNCE a édité pour la première fois le "Guide du commissaire enquêteur, ou du bon usage de l’enquête publique". Devenu un ouvrage de référence, il a connu un succès constant, tant auprès des membres de la Compagnie nationale que des organismes extérieurs. Il a été régulièrement réédité et actualisé, pour devenir en 2018 le "Guide de l'enquête publique".
En 2017, la CNCE a lancé une nouvelle collection thématique, sous forme de "hors séries".
En 2023, avec "La rédaction des conclusions motivées", la CNCE inaugure une nouvelle collection intitulée "Les Essentiels" : un nouveau parti pris éditiorial pour mieux identifier les incontournables de la "boîte à outils" du commissaire enquêteur.