Elle s'est dotée de secteurs techniques spécialisés qui travaillent sur des sujets déterminés à partir de l'expérience pratique des commissaires-enquêteurs et émettent des propositions d'amélioration.

Ainsi, pour le ministère de l'Environnement, la CNCE a dressé en janvier 1990 un bilan des enquêtes publiques en matière d'installations classées. En 1993, un bilan des autres enquêtes (déclaration d'utilité publique, urbanisme ou autres...) est venu compléter ce travail.

Elle a formulé des propositions fin 1993 dans le cadre de la mission d'évaluation et de propositions pour aménager et améliorer la procédure de l'enquête publique, confiée à Madame Bouchardeau par le ministre de l'Environnement.

Désignée par le ministère de l'Environnement, elle a siégé parmi la vingtaine de personnalités composant le comité de pilotage chargé d'élaborer la : " Charte nationale de la concertation " publiée en 1996.

D'une façon plus générale et permanente, la CNCE s'est attachée (et ses actions se poursuivent) à proposer et soutenir auprès des pouvoirs publics et des parlementaires, des réformes et aménagements législatifs et réglementaires, visant à rendre efficaces les objectifs et moyens de la loi fondamentale du 12/07/1983 relative à la protection de l'environnement et à la démocratisation de l'enquête publique.
On peut citer sans être exhaustifs : la réforme de l'indemnisation des commissaires-enquêteurs, le recours à un expert indépendant, la communicabilité des pièces du dossier d'enquête, l'organisation de réunions publiques par le commissaire-enquêteur, la présidence des commissions d'aptitude confiée au président du tribunal administratif, la concertation et le débat en amont des grands projets.

En 1998, dans le cadre du projet de modification des procédures de déclaration d'utilité publique et des enquêtes publiques, elle a présenté ses propositions au ministre de l'Aménagement du territoire et de l'Environnement.

Toujours en 1998, le Gouvernement a confié au Conseil d'Etat une mission d'étude sur : "l'amélioration des modalités d'appréciation de l'utilité publique des grands aménagements et des grands équipements". La CNCE a participé à la réflexion du groupe de travail qui a rendu son rapport : "L'utilité publique aujourd'hui" fin 1999.

La CNCE a été associée à la concertation engagée par les ministères tout au long de l'élaboration de la loi du 27/02/02 relative à la démocratie de proximité. Elle a fait valoir ses propositions au ministère de l'Ecologie et du Développement durable concernant la revalorisation de la fonction de commissaire-enquêteur.

Depuis 2004, elle participe activement au débat sur la réforme de l'enquête publique et la participation citoyenne.

Les compagnies régionales et départementales relaient ces actions et ces concertations auprès des pouvoirs publics locaux.

A cet effet, les compagnies régionales et départementales organisent, tout au long de l'année, des rencontres de commissaires-enquêteurs et des journées de formation, avec le concours des services publics (DIREN, Tribunaux Administratifs, Préfectures, Equipement...) et d'autres spécialistes ou organismes et associations compétents dans les divers domaines de l'enquête publique.

La CNCE est déclarée comme organisme dispensateur de formation professionnelle.
Elle organise ou participe à des rencontres, congrès, colloques. En avril 2003, elle a tenu à Rennes son premier Congrès national, le second s'est déroulé en 2005 à La Grande Motte et le 3^ème s'est tenu en avril 2008 à Reims.

Elle publie un bulletin : « L’enquête publique », dont la qualité est reconnue. Il est édité à plus de 4500 exemplaires ; son public : l’ensemble de ses adhérents mais aussi les autres acteurs de l’enquête publique. Consacré non seulement à l’information générale du commissaire-enquêteur dans ses fonctions, il propose aussi des conseils pratiques, des retours d’expériences, l’actualité des textes officiels, la jurisprudence ou tout autre documentation concernant l’enquête publique.

En 1996, le premier "Guide du commissaire-enquêteur - ou du bon usage de l'enquête publique" a été édité à l'initiative de la Compagnie. Il est depuis régulièrement mis à jour et se présente désormais sous forme de classeur et de CDRom.

Comme le souligne le Vice-Président du Conseil d’État dans la préface, au nom de la juridiction administrative et des présidents des tribunaux administratifs : « Depuis plusieurs années, le Guide du commissaire-enquêteur apporte aux commissaires-enquêteurs une aide précieuse pour la définition de leurs tâches et l’accomplissement de leur mission. Il est aussi pour le public un instrument appréciable d’explication de la procédure d’enquête publique et de compréhension de son déroulement.»

Elle édite également des guides pratiques thématiques sur la conduite des enquêtes publiques : le premier est relatif à l’épandage des boues de stations d’épuration urbaines ; le deuxième, sorti en avril 2008, traite de la protection et l’exploitation des captages d’eau destinée à la consommation humaine.
 

La CNCE a établi la "Charte du commissaire-enquêteur". Ce document d'éthique rappelle les droits et obligations auxquels souscrivent volontairement tous les membres des compagnies adhérentes.

Cette charte a été remplacée en 2008, à l’occasion du Congrès, par le « Code d’éthique et de déontologie des membres de la CNCE ».

Elle s'est mobilisée dans son ensemble à propos de graves problèmes de charges sociales et fiscales auxquelles pouvaient être soumises les indemnités perçues. En 2001, elle a obtenu la compensation de l'impact des prélèvements sociaux pour les commissaires-enquêteurs, désormais assujettis au régime général de la sécurité sociale.

Elle a contribué à la réforme du système d'indemnisation des commissaires-enquêteurs en 2002 (vacation horaire).

Comme toute association, elle apporte un concours à ses membres pour la défense de leurs intérêts.